Mali là một quốc gia dân chủ lập hiến được quy định trong hiến pháp ngày 12 tháng 1 năm 1992, vốn được bổ sung vào năm 1999.[21] Hiến pháp cũng quy định sự phân chia quyền lực giữa ba ngành lập pháp, hành pháp, và tư pháp của chính phủ.[21] Hệ thống chính phủ Mali được miêu tả như là chế độ "bán tổng thống".[21]

Quyền hành pháp được trao cho tổng thống, vốn được bầu cho một nhiệm kỳ 5 năm bằng phổ thông đầu phiếu và bị giới hạn trong hai nhiệm kỳ.[21][22] Tổng thống đóng vai trò là Nguyên thủ quốc gia và Tổng tư lệnh các lực lượng vũ trang.[21][23] Một Thủ tướng được chỉ định bởi tổng thống như là người đứng đầu chính phủ, và đến lượt người này có trách nhiệm bổ nhiệm Hội đồng Bộ trưởng.[21][24] Hội đồng Quốc gia theo cơ chế đơn viện là cơ quan lập pháp duy nhất của Mali, gồm các đại biểu được bầu cho một nhiệm kỳ 5 năm.[25][26] Trong cuộc bầu cử năm 2007, Liên minh vì Dân chủ và Tiến bộ đạt được 113 ghế trong tổng số 160 ghế trong hội đồng.[27] Hội đồng tổ chức hai cuộc họp thường kỳ mỗi năm, trong đó những vấn đề được đưa ra tranh luận và bỏ phiếu thông qua các dự luật được đề cử bởi những thành viên của chính phủ.[25][28] Nền dân chủ ở Mali tiến triển khả quan sau các cuộc bầu cử địa phương vào cuối tháng 4 năm 2009, mặc dù các khiếm khuyết quan trọng và các vụ lôi kéo bầu cử vẫn còn tồn tại.

Hiến pháp Mali cung cấp một nền tảng cho một nền tư pháp độc lập,[25][29] nhưng ngành hành pháp vẫn còn có tác động đến ngành tư pháp thông qua việc bổ nhiệm các thẩm phán và giám sát cả hai chức năng tư pháp và thực thi pháp luật.[25] Các tòa án bậc cao của Mali bao gồm Tòa án Tối cao, vốn nắm cả quyền tư pháp và quản lý hành chính, và Tòa án Hiến pháp riêng biệt có trách nhiệm kiểm tra mặt tư pháp của các đạo luật và phục vụ như là cơ quan phân xử trong các tranh chấp bầu cử.[25][30] Các tòa án cấp thấp của Mali vẫn tồn tại, mặc dù các trưởng thôn và trưởng lão trong làng là những người giải quyết phần lớn các tranh chấp ở vùng nông thôn.[25]